Die kristallinen Gesteine sind im unverwitterten und ungeklüfteten Zustand überwiegend Grundwassergeringleiter, im Auflockerungsbereich sind sie gering bis mäßig durchlässige Kluftgrundwasserleiter. Dort und im grobporigen Hangschutt strömt das Grundwasser überwiegend oberflächennah.
Das Grundwasservorkommen im Kristallin wird durch zahlreiche Quellfassungen zu Trinkwasserzwecken genutzt. Die Quellschüttungen liegen nach längeren Trockenzeiten meist unter 1 l/s. Kristallingebiete sind daher trotz hoher Niederschläge und hoher Quelldichte durch einen Grundwassermangel gekennzeichnet. Daneben gibt es im kristallinen Grundgebirge zahlreiche Mineral- und Thermalwasservorkommen. Diese werden als Heilwasser und für balneologische Zwecke genutzt. Bekannte Kurorte sind beispielsweise Baden-Baden, Badenweiler, Bad Säckingen, Bad Wildbad oder Bad Liebenzell.
Die paläozoischen Gesteine sind überwiegend Grundwassergeringleiter, z. T. sind sie als überwiegend gering ergiebige, z. T. schichtig gegliederte Kluftgrundwasserleiter ausgebildet (Zechstein, Rotliegend-Sedimente).