Die in der Bodenkarte getrennt dargestellten Kartiereinheiten im Bereich der Talauen unterscheiden sich hinsichtlich der vom jeweiligen Einzugsgebiet abhängigen Substratzusammensetzung der Auensedimente. Ferner sind hierfür das Ausmaß der Grundwasserbeeinflussung sowie der Karbonatgehalt wichtige Kriterien. Wegen der in vielen Tälern auch heute noch gelegentlich auftretenden Überschwemmungen und des in manchen Tälern hoch anstehenden Grundwassers wird in den Auen hauptsächlich Grünlandnutzung und nur untergeordnet Ackerbau betrieben; örtlich sind sie bewaldet.
Grundsätzlich werden die Fluss- und Bachtäler des Muschelkalkgebiets von denen im Lettenkeuper unterschieden. Dabei können die Übergänge in den Seitentälern fließend sein. Außerdem wurden für die jeweiligen Flusssysteme zur besseren Unterscheidung teilweise andere Einheiten verwendet, die mitunter jedoch Böden mit sehr ähnlichen bis gleichen Eigenschaften beschreiben.
In den Talsohlen der großen Muschelkalktäler von Jagst und Kocher dominieren kalkhaltige Braune Auenböden (Vegen) aus lehmigen bis sandigen Auensedimenten, die v. a. seit den Rodungsphasen des Mittelalters bei Überschwemmungen abgelagert werden. Grundwassereinfluss in Form von Oxidationsflecken zeigen die Böden meist nur im tieferen Unterboden. In feuchteren Abschnitten wurden neben den Braunen Auenböden zusätzlich kalkreiche Auengley-Braune Auenböden kartiert (J64). Herrschen sandiger Auenlehm und Auensand vor, werden diese Böden durch die Kartiereinheiten J75 und J47 beschrieben. Für weite Teile der Jagstaue zwischen Mulfingen und Jagsthausen werden die kalkreichen Braunen Auenböden aus schluffig-lehmigem Auenlehm durch die Einheit J66 dargestellt. Im Bereich der Unterläufe von Kocher (ab Hardthausen) und Jagst (ab Jagsthausen) bis zur Mündung in den Neckar bei Bad Friedrichshall sind durchweg sehr homogen aufgebaute kalkreiche Braune Auenböden verbreitet (J300), die aufgrund des vermehrt vorkommenden Löss und Lösslehms im Einzugsgebiet relativ schluffig sind, wodurch die Sandkomponente sehr stark zurücktritt. In diesen Abschnitten kommen überdies vereinzelt Auenterrassen vor, auf denen im Vergleich zur jungen Aue dichter gelagerter und tonigerer Auenlehm vorliegt (J341).
Feuchtere Auenböden mit Übergängen zum Auengley treten nur vereinzelt in schmalen Rinnen oder im Bereich von Quellaustritten im Unteren und Mittleren Muschelkalk am Auenrand auf. In den kleineren Nebentälern sind sie jedoch häufiger anzutreffen. Dabei handelt es sich um kalkreiche Brauner Auenboden-Auengleye und Auengleye aus Auenlehm (J40). Im Bereich ehemaliger Randrinnen kann der Auenlehm von Altwassersedimenten unterlagert sein, die zu stark humosen und tonigen Unterböden führen (Humoser Auengley-Brauner Auenboden und Brauner Auenboden-Auengley (J229, (J48)). Extrem vernässte Bereiche mit Anmoorgleyen und Nassgleyen treten in diesen Kartiereinheiten nur selten auf.
In schmaleren Seitentälern von Kocher und Jagst finden sich kalkreiche Braune Auenböden aus Auenlehm mit stellenweiser Vergleyung im nahen Untergrund (J63), die den entsprechenden Kartiereinheiten der Haupttäler sehr ähnlich sind. Je nach Einzugsgebiet können auch sandig-tonige Auenlehme vorkommen (J342, J75). Der Grundwassereinfluss kann sehr unterschiedlich sein. In feuchteren Abschnitten kommen kalkreiche Auengley-Braune Auenböden (J52) aus Auenlehm vor. Vergleichsweise selten sind Braune Auenböden aus geringmächtigem Auenlehm über fluviatil umgelagerten Muschelkalkschottern (J73). Stärker vernässte Böden (Auengleye) aus schuttführendem, geringmächtigem Auenlehm gibt es dort, wo die engen Bachtäler die Quellhorizonte des Unteren und Mittleren Muschelkalks oder der Röttone angeschnitten haben (J40). Wie bereits im Hinblick auf die Haupttäler diskutiert, liegen an den Unterläufen von Kocher und Jagst (zwischen Widdern und Bad Friedrichshall) aufgrund des vermehrten Löss und Lösslehmeinflusses auch in den Seitentälern vergleichsweise lockere und schluffige Auenlehme vor, die meist karbonatfrei sind (Brauner Auenboden mit Vergleyung im nahen Untergrund (J302)). In sehr schmalen und teilweise steilen Talsohlen tief in den Oberen Muschelkalk eingeschnittener, enger und schluchtartiger Bachtäler können punktuell kleinflächig Auenrendzinen und Auenpararendzinen (J224, J95) vorkommen. Als Ausgangsmaterial liegt meist fluviatil umgelagerter Kalksteinschutt vor; jedoch ist der Übergang zum Hangschutt der instabilen, übersteilten Hänge fließend.
In schmalen Bachauen mit Einzugsgebiet in der Lettenkeuper-Landschaft ist der Auenlehm vor allem in lösslehmärmeren Gebieten etwas toniger und geringmächtiger. Die verbreitet vorkommenden Auengley-Braune Auenböden und Brauner Auenboden-Auengleye sind nur zum Teil karbonathaltig (J76). In den oberen Abschnitten dieser Täler und an der östlichen Grenze der Bodengroßlandschaft zum Gipskeuperhügelland kommen bei vergleichsweise geringem Gefälle selten auch Auengleye und Auengley-Braune Auenböden aus schluffig-lehmigen Auenlehmen vor (J291). Im Übergang zum Gipskeuper haben sich vergleichbare Bodentypen aus tonreichem Auenlehm gebildet (J290). In Kartiereinheit J292 besteht das Substrat dagegen aufgrund von Einzugsgebieten mit deutlichem Lettenkeupersandstein-Einfluss aus sandigem Auenlehm. Daraus haben sich Braune Auenböden und Auengley-Braune Auenböden gebildet.
