In dem engen 35 km langen Durchbruchstal der Donau zwischen Fridingen und Inzigkofen ist die Talsohle meist nur 50–300 m breit. Bei größeren Überschwemmungsereignissen wird der komplette Talboden überschwemmt. Die Oberfläche zeigt das ausgeprägte Kleinrelief einer aktiven Aue. Ziemlich einheitlich sind dort kalkhaltige und kalkreiche Braune Auenböden (Vegen) verbreitet (r43). Auenböden mit Grundwassereinfluss treten nur untergeordnet in Vertiefungen auf. Der Auenlehm besitzt häufig eine mehr oder weniger deutliche Sandkomponente und ist meist über 1 m mächtig. Gelegentlich wurden bei der Kartierung die unterlagernden Donauschotter aber auch bereits oberhalb 1 m u. Fl. angetroffen.
In der westlich anschließenden relativ breiten Talsohle der oberen Donau zwischen Geisingen und Fridingen konnten in Abhängigkeit von Grundwassereinfluss, Substratzusammensetzung und Alter des Auenlehms verschiedene Bodengesellschaften differenziert werden. Kartiereinheit (KE) r43 tritt auch dort abschnittsweise in der Talsohle auf. Häufiger sind dort aber Braune Auenböden aus meist sandärmerem Auenlehm (r16), die oft auch einen schwachen Grundwassereinfluss zeigen (Auengley-Brauner Auenboden) und örtlich nur sehr schwach karbonathaltig oder auch ganz karbonatfrei sein können. Stellenweise befindet sich zwischen dem Auenlehm und dem unterlagernden Kies ein geringmächtiges, älteres, tonreiches Hochflutsediment. In Rinnen können örtlich auch Böden mit stärkerem Grundwassereinfluss auftreten (Brauner Auenboden-Auengley). Der Auenlehm wird dort dann oft von tonigem Altwassersediment unterlagert.
Der scheinbar regellose Wechsel von Böden aus verschiedenen Substraten mit unterschiedlichen Karbonatgehalten ist darauf zurückzuführen, dass der Fluss immer wieder seinen Lauf verlegt hat und dass an unterschiedlichen Stellen im Tal und auch bei zeitlich getrennten Hochwasserereignissen jeweils andere Sedimente abgelagert wurden. Das oft wellige Kleinrelief und ganz geringe Niveauunterschiede zeigen diese Dynamik ebenfalls auf. Besonders im Raum Tuttlingen gibt es am Rand der Donauaue etwa 1 m über der jungen Aue gelegene Verebnungen, auf denen Braune Auenböden und Auenbraunerden vorkommen (r17). Sie lassen sich als entkalkte Böden deuten, die aus einem älteren Auenlehm entstanden sind.
Besonders bei Tuttlingen-Nendingen und bei Mühlheim an der Donau gibt es Talsohlenabschnitte, in denen auf größerer Fläche Auenböden mit höher anstehendem Grundwasser dominieren (r42, Brauner Auenboden-Auengley und Auengley; r71, Auengley-Brauner Auenboden). In den flussferneren Bereichen sind die Böden dort z. T. karbonatfrei.
Als eigene Kartiereinheit wurden die meist karbonatfreien Auenböden abgegrenzt, die sich in der Donautalsohle bei Geisingen am Eintritt in das Durchbruchstal befinden. Sie fallen durch ihre dunkle Farbe und sehr hohe Humusgehalte auf (r13). Am Rand der Aue befindet sich dort ein kleines, entwässertes Niedermoor (r19). Eine kleine vermoorte Fläche in der Aitrachaue westlich von Geisingen-Leipferdingen wurde ebenfalls KE r19 zugeordnet. Generell sind in dem breiten, im Pleistozän noch von der Feldberg-Donau durchflossenen, gefällsarmen Aitrachtal deutlich vernässte Böden vorherrschend. Die große vermoorte Fläche des Zollhausrieds bei Blumberg wurde der Bodengroßlandschaft Baar und Alb-Wutachgebiet zugeordnet. Ansonsten wird die Talsohle der Aitrach fast überall von kalkhaltigen Auenböden mit mehr oder weniger hoch anstehendem Grundwasser eingenommen (r15, Auengley und Brauner Auenboden-Auengley). Eine größere Fläche nordöstlich der Bahnstation Riedöschingen, in der die Auengleye von Niedermoortorf unterlagert werden, wird in KE r24 beschrieben.
Die in KE r15 beschriebenen kalkhaltigen Auengleye finden sich auch in den feuchten, schmalen Tälern der Baaralb, die bei Immendingen und Tuttlingen-Möhringen in die Donau münden. In schmalen Bachtälern der Hegaualb, am Kleinen Randen sowie auf der Baaralb bei Blumberg-Hondingen dominieren kalkhaltige Auenböden ohne oder mit geringem Grundwassereinfluss (r38, Brauner Auenboden, Auengley-Brauner Auenboden). Je nach Einzugsgebiet treten tonige, schluffige oder sandige Lehme auf. In einzelnen, oft sehr schmalen Abschnitten von Bachtälern auf der Baar‑ und Hegaualb sind die kalkhaltigen Auensedimente meist sehr schuttreich und örtlich auch nur geringmächtig (r12 Brauner Auenboden; r14, Auengley-Brauner Auenboden).
Im Südwesten der Hegaualb, im Raum Engen/Tengen, münden mehrere Bäche aus nördlicher Richtung in breite würmzeitliche Schmelzwassertäler des Hegaus. Dort haben sie bei Überschwemmungen Bodenmaterial aus der Hegaualb sedimentiert. Die breiten Talsohlen von Hepbach und Saubach bei Mühlhausen-Ehingen und die Biberaue bis Büßlingen werden daher noch zusammen mit den Böden der Hegaualb beschrieben. In der Hepbach‑ und Saubachaue zwischen Engen und Singen-Schlatt dominieren kalkreiche Auenböden mit oft geringem Grundwassereinfluss aus meist tonig-lehmigen Auensedimenten (r109, Brauner Auenboden und Auengley-Brauner Auenboden). In den Bachauen zwischen Tengen-Büßlingen und Mühlhausen-Ehingen sind die hydromorphen Merkmale in den Böden deutlicher ausgeprägt. Das Grundwasser ist dort allerdings künstlich abgesenkt. Vorherrschende Böden sind kalkhaltige Auengleye (r111). Teilweise ist der junge Auenlehm dort nur geringmächtig und lagert über einem älteren, sehr stark humosen bis anmoorigen Auensediment. Auch bei den drei kleinflächigen Vorkommen von KE r110, in denen der kalkhaltige Braune Auenboden-Auengley den Leitboden darstellt, wurde das Grundwasser künstlich abgesenkt.
Im Grundwasserschwankungsbereich der Auenböden bei Mühlhausen-Ehingen kam es stellenweise zu lockeren Kalkausfällungen (Wiesenkalk). Die dort verbreiteten Kalkhumusgleye und Kalkanmoorgleye werden in KE r113 beschrieben. Außerdem befindet sich zwischen Mühlhausen und Ehingen am Rand der Aue ein größeres, z. T. vererdetes Kalkniedermoor (r115, Naturschutzgebiet „Ehinger Ried“). Es ist als Versumpfungsmoor in Auenlage entstanden und besteht aus bis zu 3 m mächtigen, oft stark durchschlickten Torflagen. Etwas weiter südlich wurde eine Fläche mit Anmoorgleyen aus tonigem Auenlehm ausgewiesen (r112). Auf dem Gebiet zweier ehemaliger kleiner Seen bei Hilzingen-Binningen und bei Engen-Welschingen sind heute Grünland und Waldflächen mit Humusgleyen und Anmoorgleyen verbreitet (r114). Geringmächtige lehmige Seeablagerungen und Auenlehme werden dort von Niedermoortorf unterlagert.
