Der Untere Muschelkalk ist ein geklüfteter, schichtig gegliederter, z. T. verkarsteter Kluftgrundwasserleiter mit meist mäßiger, bei Verkarstung mittlerer Grundwasserführung. Der Mittlere Muschelkalk ist im unausgelaugten Zustand ein Grundwassergeringleiter. Bei Auslaugung kann die Heilbronn-Formation einen geklüfteten, zellig porösen oder schichtigen Kluftgrundwasserleiter bilden. Der Obere Muschelkalk ist zusammen mit der Diemel-Formation des Mittleren Muschelkalks ein Kluft- und Karstgrundwasserleiter. Die Haßmersheim-Schichten im unteren Abschnitt des Oberen Muschelkalks wirken verbreitet als geringdurchlässige Trennschicht und führen dann zu einer Stockwerkstrennung mit zwei mehr oder weniger eigenständigen Grundwasservorkommen. Dünne Tonsteinlagen im höheren Teil des Oberen Muschelkalks können zu lokal schwebenden Grundwasservorkommen führen, sofern sie über dem Vorflutniveau liegen.
Die von Oberem Muschelkalk aufgebauten Hochflächen sind ähnlich wie die Verbreitungsgebiete des Oberjuras wasserarme Karstlandschaften. Sie sind durch typische Karstformen wie z. B. Dolinen, Erdfälle, Bachversickerungen und Trockentäler gekennzeichnet. Oft pausen sich auslaugungs- und verkarstungsbedingte Hohlräume im Oberen Muschelkalk als große Dolinen noch durch die Überdeckung mit Unterkeuper-Schichten durch.