Die in der Bodenkarte ausgeschiedenen Kartiereinheiten im Bereich der Talauen unterscheiden sich hinsichtlich der vom jeweiligen Einzugsgebiet abhängigen Substratzusammensetzung der Auensedimente. Weitere Unterscheidungskriterien waren das Ausmaß der Grundwasserbeeinflussung sowie ihr Karbonatgehalt. Wegen der in vielen Tälern auch heute noch gelegentlich auftretenden Überschwemmungen sowie aufgrund des in manchen Tälern hoch anstehenden Grundwassers wird in den Auen fast ausschließlich Grünlandnutzung betrieben, örtlich sind sie bewaldet.
Das dominierende Flusstal im Süden der Oberen Gäue ist das Neckartal zwischen Rottweil und Rottenburg. Die Bodenverhältnisse in der schmalen Talsohle sind dort relativ einheitlich. Vorherrschend sind kalkreiche Braune Auenböden (Vegen) aus meist mächtigem lehmigem Auensediment (g74). Besonders in Flussnähe können auch sandigere Substrate auftreten. Böden mit deutlichem Grundwassereinfluss sind im Neckartal eher selten. Örtlich konnten sie kleinflächig im Bereich ehemaliger Flussrinnen oder in der Umgebung von Quellaustritten abgegrenzt werden (Brauner Auenboden-Auengley, Auengley, Anmoorgley, g82, g83, g85, g91). Bei Starzach-Börstingen sowie westlich von Horb am Neckar und südwestlich von Sulz am Neckar gibt es Auenterrassen, die etwa 0,5 bis 1,5 m über der heutigen Talsohle liegen. Die kalkhaltigen bis kalkreichen Braunen Auenböden auf den Terrassen sind kiesiger und das Auensediment ist oft geringmächtiger (< 1 m) als in der jungen Aue (g75, g76).
Eine eigene Kartiereinheit wurde für die Auenböden der rechten Nebenflüsse des Neckars vergeben, die ihr Einzugsgebiet im Albvorland und auf der Schwäbischen Alb haben (z. B. Eyach, Starzel). Die dort vorherrschenden kalkreichen Braunen Auenböden (g73) sind denen der Neckaraue recht ähnlich. Die Auensedimente haben aber in der Tendenz einen geringeren Sand‑ und höheren Tongehalt.
In den übrigen Bach‑ und Flussauen der Gäulandschaft weisen meist Oxidationsflecken im tieferen Unterboden auf mäßigen Grundwassereinfluss hin. Häufiger Bodentyp ist der Auengley-Brauner Auenboden. Wo die Gewässer ihr Einzugsgebiet überwiegend im Verbreitungsgebiet von Löss‑ und Lösslehmdecken haben (z. B. Würmtal), sind schluffreiche Auenlehme verbreitet (g81). Neben kalkhaltigem Auenlehm treten stellenweise auch kalkfreie Substrate auf. Wo das Einzugsgebiet vorherrschend in lösslehmärmeren Gebieten liegt, sind die Auenböden oft weniger mächtig, z. T. kieshaltig und etwas tonreicher (g82, z. B. Nagoldtal westlich von Nagold).
Als Folge der im Unteren und Mittleren Muschelkalk vorhandenen Quellhorizonte gibt es in den Gäutälern vielfach auch sehr feuchte Böden. Die in den Kartiereinheiten g83 und g85 zusammengefassten Auengleye sind in vielen Talabschnitten zu finden. Extrem vernässte Bereiche mit Anmoorgleyen und Nassgleyen nehmen dagegen nur wenige kleine Flächen ein. Sie werden in Kartiereinheit (KE) g91 beschrieben
Eine Besonderheit ist der vermoorte Auenrandbereich im Würmtal nördlich von Weil der Stadt (Merklinger Ried). Quellaustritte am Hangfuß und die Verlandung eines ehemaligen Flusslaufs der Würm kommen als Ursache für die Torfbildung in Frage. Die in KE g99 zusammengefassten Moorböden sind allerdings durch Entwässerungsmaßnahmen und frühere landwirtschaftliche Nutzung stark anthropogen überprägt. Auf größerer Fläche ist der Niedermoortorf auch von jungem Auenlehm (Auengley, g100) oder, im Übergang zum Hangfuß, von holozänen Abschwemmmassen überdeckt (kalkhaltiges Kolluvium über kalkhaltigem Niedermoor, g98).
Im Ammertal bei Herrenberg sowie in einem Bachtal bei Böblingen werden die Auenlehme oft von sehr tonreichen Stillwassersedimenten unterlagert (Auengley, g86). Teilweise verlaufen diese Talabschnitte schon im angrenzenden Gipskeuper. Vermutlich haben dort durch Gipsauslaugung bedingte Sackungen zur Bildung der Stillwassersedimente beigetragen.
In schmalen Talsohlen enger Bachtäler im Oberen Muschelkalk sind kalkreiche Auenböden aus geringmächtigem kalksteinführendem Auenlehm über fluviatil umgelagertem Kalksteinschutt verbreitet. Der Grundwassereinfluss kann sehr unterschiedlich sein. Die in solchen Bereichen ausgeschiedene KE g79 ist v. a. in der Aue des jungen Neckars südwestlich von Deißlingen verbreitet, kommt aber auch in kleinen Nebentälern des oberen Neckars vor. Stärker vernässte Böden (Auengleye, g87) aus schuttführendem geringmächtigem Auenlehm gibt es dort, wo die engen Bachtäler die Quellhorizonte des Unteren und Mittleren Muschelkalks oder der Röttone angeschnitten haben. Örtlich lagert dort auch Kalktuff im Unterboden.
Durch Kalkausfällung entstandenen Kalktuff gibt es in einigen wenigen Tälern in größerer Verbreitung. Neben festem Kalktuff kommt auch umgelagerter lockerer Kalktuffsand vor, der von mehr oder weniger mächtigem Auenlehm überlagert wird. Die in diesen Bereichen ausgeschiedenen Kartiereinheiten g78 und g77 (kalkreicher Brauner Auenboden) haben ihr Hauptverbreitungsgebiet am jungen Neckar bei Deißlingen sowie im Dießener Tal westlich von Horb-Dettingen.
Die Auenlehme von Fließgewässern, deren Einzugsgebiet im Buntsandstein-Schwarzwald liegt, weisen meist einen spürbaren Sandgehalt auf. Stellenweise tritt auch lehmiger Auensand auf. Der Kalkgehalt der Böden zeigt aber, dass auch viel Material aus der Gäulandschaft an der Substratzusammensetzung beteiligt ist. Fast immer sind in den z. B. im Glatt‑ und Eschachtal verbreiteten Auenböden auch mehr oder weniger starke Grundwassermerkmale ausgeprägt (g80). Am Anfang kleiner Bachtäler im Übergang vom Buntsandstein zum Unteren Muschelkalk treten örtlich vernässte Böden aus tonig-lehmigen Auensedimenten auf, die sowohl Grundwasser‑ als auch Stauwassermerkmale besitzen (Auenpseudogley-Auengley, g84).